A planificação da actividade do Museu, entre 1980-2006 foi naturalmente condicionada pela inexistência de espaços expositivos abertos ao público, pelo facto do seu quadro de pessoal se ter vindo progressivamente a concentrar e a especializar no sector técnico-laboratorial e ainda, por enquadrar um projecto de arqueologia urbana. A conjugação destes factores, associada à consciencialização da necessidade em apoiar investigadores e demais organismos, cuja actividade incidia sobre o património arqueológico nesta região, fizeram deste Museu um pólo dinamizador, no domínio da preservação e valorização de sítios e colecções.

A designação do Museu está associada ao arcebispo D. Diogo de Sousa (1505-1532), na medida em que a ele ficaram a dever-se as primeiras preocupações com a salvaguarda do património em Braga, nomeadamente a recolha dos miliários provenientes das vias romanas existentes em torno da cidade, hoje integradas na exposição permanente do Museu.