As instalações do Museu foram projectadas para a zona arqueológica mais significativa e melhor preservada da cidade de Braga.
O projecto arquitectónico é da autoria de Carlos Guimarães e Luís Soares Carneiro e desenvolve-se em três corpos, articulados entre si – o sector técnico e de serviços, a cafetaria e a área destinada ao público. O sector técnico engloba um laboratório de restauro e demais sectores de actividade relacionados com o estudo e valorização das colecções, deste e de outros museus, na região.
O projecto da Loja, da Recepção e das Salas de Exposição Permanente é da autoria de Ana Leandro.
A área destinada ao público integra os espaços expositivos, um auditório, loja, biblioteca e serviço educativo.
Para além destes equipamentos o Museu possui amplos espaços exteriores ajardinados, de livre acesso ao público.