As colecções do Museu são constituídas por dois grandes núcleos – os antigos achados, maioritariamente materiais líticos epigrafados, sem contexto arqueológico preciso, e as colecções que ingressaram neste museu após 1980 enquadradas em projectos de investigação arqueológica de âmbito local e regional.
Relativamente a estas últimas, o Museu dispõe da informação associada aos respectivos contextos arqueológicos, o que constitui uma mais valia para o conhecimento da ocupação mais antiga da região. Alguns desses sítios podem ser visitados, proporcionando assim uma oferta turistico-cultural mais integrada.
Para além dessa ligação entre as colecções e os respectivos sítios de proveniência, as peças foram objecto de uma intervenção de restauro e valorização.

Se desejar obter informações mais detalhadas sobre as colecções expostas tem à sua disposição um Roteiro do Museu e o Inventário e gestão de colecções que disponibiliza informação através de texto e imagem sobre as colecções dos museus tutelados pelo Instituto dos Museus e da Conservação.